А. Г. Салінас - Інститут генетики людини

Лікар. Габріела Салінас
Керівник робочої групи
[email protected]

Жаклін Фінк
Технічний асистент
[email protected]

Сюзанна Лютін
Технічний асистент
[email protected]

Фокус

Проекти

Публікації

Фокус

Тим часом високопропускна послідовність (послідовність наступного покоління, NGS) міцно зарекомендувала себе як технологія і використовується для аналізу в широкому спектрі дослідницьких програм у всіх галузях наук про життя. Це також стосується клінічного контексту, де це спрощує діагностику та забезпечує терапевтичні підходи на основі персоналізованої медицини. Водночас він порушує нові технологічні, правові та етичні питання, на які потрібно відповісти.

Метою нашої дослідницької групи є полегшити доступ до найновіших та найсучасніших технологій, методів та платформ NGS та підтримати наших партнерів по співпраці та користувачів на шляху до надійних результатів досліджень завдяки нашій великій біоінформатиці.

Ми також використовуємо результати та прогрес, досягнутий у наших дослідницьких проектах, для постійного вдосконалення та розширення ресурсів та послуг, які ми пропонуємо в рамках NIG, служби обслуговування інтегративної геноміки NGS в Університетському медичному центрі Геттінгена.

Проекти

Розробка нової платформи scRNA-Seq від CellenONE X1 та ICELL8

Технології, що базуються на NGS, для геномних, транскриптомних та епігеномних проблем все більше зосереджуються на характеристиці окремих клітин. За допомогою одноклітинного секвенування (SCS) можна розшифрувати складні гетерогенні популяції клітин та регуляторні взаємозв’язки між типами клітин та простежити шлях розвитку конкретних клітинних підтипів у тканині. Це також важливі питання в різних проектах SFB1002 на UMG, який досліджує, як захворювання, стратегії лікування та цілеспрямовані модуляції впливають на різні клітинні популяції серця при захворюваннях у людей та на моделях тварин.

Наша група працює над розробкою платформ для одиничних NGS з метою покращення ізоляції одиничних осередків, тобто першим і критичним кроком. Використовуючи CellenONE X1 для ізоляції клітин, ми досягаємо розподілу клітин з високою ефективністю (майже 100%), високим рівнем виживання, високою точністю, високою пропускною здатністю та з хорошою документацією та візуалізацією ізольованих клітин.

Для високої пропускної здатності окремі клітини з CellenONE X1 розподіляються на 5184-лункову тарілку від Takara, пластину ICELL8 з індексацією етикетки або без неї, залежно від необхідного створення бібліотеки (повністю автоматизована). Доступні три різні протоколи для scRNA-Seq: a) 3 'кінцевий підхід, b) підхід для mRNA-Seq у повну довжину та c) загальний RNA-Seq підхід за допомогою технології SMART від Takara . Система дозволяє застосовувати методи секвенування ДНК, а також бібліотеки на основі Nextera (ATAC-Seq).

Пряма РНК-послідовність за допомогою технології Oxford Nanopore

Секвенсор MinION - це портативний довгочитаний секвенсор. Після кількох оновлень точність його послідовності зараз перевищує 90%, а очікувана кількість зчитувань на проточну комірку становить кілька сотень тисяч на проточну комірку. Довжина зчитування також була покращена, і тепер вона досягає довжини зчитування N50 понад 100 кб. В даний час ми тестуємо використання MinION для РНК-Seq з проточною клітиною R7.3 MionION та для одноклітинної RNA-Seq з проточними клітинами R7.3 та 9.4.

Послідовність РНК in situ із збереженням просторової інформації

Ця методика є інноваційним підходом, який надає інформацію про одноклітинні транскриптоми або високомультиплексовану експресію генів для аналізу тканин або клінічних зразків (біопсій) без необхідності протоколів дисоціації тканин. Це являє собою технологічну революцію, особливо для клінічних досліджень.

Протоколи в установі

В даний час встановлюються такі протоколи:

Виділення ядра для одноядерної РНК-послідовності (SNS) для ICELL8
Виділення ядра для одноядерної РНК-послідовності (SNS) для 10 x геноміки
Підходи до загальної послідовності РНК однієї клітини

Методи глибокого навчання для асоціативних досліджень транскриптома та динаміки систем у морфогенезі тканин

У рамках цієї ініціативи вчені з теорії інформації, теоретичної нейронауки, транскриптоміки та клітинної та біології розвитку працюють разом, щоб вперше поєднати дані візуалізації та експресії, і таким чином зрозуміти взаємозв'язок між експресією генів в окремих клітинах та поведінкою клітинних груп. Метою є автоматизація динамічної реконструкції тканин на основі широкомасштабних даних візуалізації з використанням глибокого навчання для ідентифікації в реальному часі окремих клітин у ключових точках ембріона та їх транскриптомічного аналізу.

Проект фінансується Міністерством науки та культури Нижньої Саксонії (MWK) та Фондом Volkswagen у рамках тендеру "Великі дані в науках про життя майбутнього".

До прес-релізу UMG

KFO 5002 "Характеристика та націлювання динаміки геному для субтипової терапії раку підшлункової залози"

Центральний проект CP2

Додаткова інформація про KFO 5002

SFB 1002 "Модулюючі блоки при серцевій недостатності"

Центр спільних досліджень (SFB) 1002, що фінансується DFG, має на меті краще зрозуміти деталі та взаємозв'язки, пов'язані з поширеною хворобою серцевої недостатності ("серцева недостатність"). Метою дослідників SFB є розробка нових методів для більш ефективного лікування серцевої недостатності. Для цього вони досліджують вибрані сигнальні шляхи, які встановлюють зв'язок між різними клітинами серця і найменшими функціональними одиницями клітин серця, так званими функціональними мікродоменами, і відіграють роль у розвитку серцевої недостатності.

Додаткова інформація про SFB1002

Публікації А. Г. Салінаса

2015 і раніше

Довгострокові ефекти емпагліфлозину на збудження-скорочення-зчеплення в індукованих людиною плюрипотентних кардіоміоцитах стовбурових клітин
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020, 9 жовтня. [Epub попереду друку]

Транслатом моторного нейрона виявляє дерегуляцію SYNGR4 та PLEKHB1 у мутантних моделях бічного аміотрофічного склерозу TDP-43
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 липня: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Онлайн перед друком.

Характеристика циркулюючих клітин раку молочної залози з туморогенною та метастатичною здатністю
Кох C, Куске A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 липня: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Онлайн перед друком.

Інтронічне відновлення CRISPR в доклінічній моделі кардіоміопатії, пов’язаної із синдромом Нуна
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Нюрнберг П., Пауль Т., Ціммерманн В.Х., Хасенфус Г.
Тираж. 2020 лип. 6. doi: 10.1161/ЦИРКУЛЯЦІЯAHA.119.044794. Онлайн перед друком.

Медіація ДНК, опосередкована модуляцією ендоцитозу як потенційний механізм регулювання синаптичної функції в мишачих інгібуючих кортикальних інтернейронах
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Германн Дж., Коста I, Пілер Т., Хюбнер, Каліфорнія, Ваттер Н, Кампа Б, Беккер АЙ, Ціммер-Бенш Г.
Cereb Cortex 2020 1 червня; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сиалілювання IgG Fc регулюється під час реакції зародкового центру при імунізації різними ад'ювантами
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Брауманн Д, Гобуш Дж., Кухнігк К, Кремер В, Штейнгаус М, Бланшар V, Гемолл Т, Габерман Ж.К., Коллін М, Салінас Г, Манц Р.А., Фукуяма Н, Корн Т, Вайсман А, Йогев Н, Хубер С, Рабе Б., Роуз-Джон С, Буш Х, Берберіх-Зібельт Ф, Хельшер С, Вурер М, Елерс М.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 травня: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Мутації De novo у FBRSL1 викликають нові впізнавані вади розвитку та синдром інтелектуальної інвалідності
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Хам Генет. 2020 18 травня.

Інгібування аутофагічного білка ULK1 послаблює дегенерацію аксонів in vitro та in vivo, посилює трансляцію та модулює сплайсинг
Вахсен Б.Ф., Рібас В.Т., Сундермейер J, Бокер А, Дамбек В, Ленц С, Шомроні О, Кальді Гомес Л, Татенхорст Л, Барскі Е, Росер АЕ, Мішель У, Урлауб Х, Салінас Г, Бар М, Кох Й.С., Лінгор P
Клітинна смерть різниться 2020 квітня 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub перед друком]

Різноманітність клінічно релевантних результатів, обумовлених гіпофракційним випромінюванням у дзеркалах стовбурових клітин гліоми людини.
Каласаускас Д, Сорокін М, Спранг Б, Ельмасрі А, Віхвег С, Салінас Г, Опіц Л, Раве-Фраенк М, Шульц-Шеффер З, Кантелхардт СР, Гізе А, Буздін А, Кім Е.Л.
Раки (Базель) 2020 1 березня; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/раки12030570.

Амоній діє систематично, тоді як нітрат надає додатковий місцевий ефект на вузлики Medicago truncatula
Шульце Дж., Лізе Р., Балестерос Г., Касьєрі Л., Салінас Г., Кабеса Р.А.
Рослин Sci. 2020 р.; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 груд.

Збільшення присутності та диференціальний молекулярний імпринт транзитно-посилюючих клітин при псоріазі
Вітте К, Юрхотт К, Крістоу Д, Гехт Дж, Салінас Г, Крюгер У, Кляйн О, Коколакіс Г, Вітте-Гендель Е, Месснер Р, Волк HD, Волк К, Сабат Р
J Mol Med 2020 січня; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 грудня.

Опосередкована CRISPR активація ендогенної експресії генів у постнатальному серці
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 січня; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 листопада.