Дідьє Рауль; Олег Медіанников; МГУ

Вивчення мікробіоти людини та культури вибагливих бактерій

Команда 1 UMR D-258, Мікроби, Еволюція, Філогенез та Інфекція (MEPHI)
Екс-Марсельський університет (AMU), Науково-дослідний інститут розвитку (IRD)

олег

Керівники команд:
Учасники
  • БРЕЖОН Фаб'єн
  • DAVOUST Бернар
  • ЕДУАР Софі
  • ЛАЖІ Жан-Кірстоф
  • МЕРХЕЙ Вікі
  • МІЛЬЙОН Метью

1. Наукова стратегія та проекти

Культура залишається важливим елементом у всіх дослідженнях мікробіології та інфекційних хвороб (5). Таким чином, окрім збільшення репертуару бактерій у мікробіоті, культуромія дозволила застосовувати різні програми. З одного боку, деякі з цих нових бактерій були виявлені в нашій клінічній лабораторії мікробіології в ситуаціях зараження (6). З іншого боку, деякі штами з нашої колекції, культивовані культуромікою, були корисними для проектів, розроблених командою з Інституту Гюстава Руссі в їх роботі щодо взаємозв'язку між мікробіотою та ефективністю лікування імуномодулюючим раком (7).

  • Мікробіота та живлення

Харчування є основною детермінантою мікробіоти людини. Наша команда вперше вивчила зв’язок між порушенням мікробіоти та ожирінням. Ми вперше показали зменшення кількості метаногенних архей, біфідобактерій, включаючи B. animalis, та Lactobacillus casei при ожирінні (8). Ці 2 види (L. casei, B. animalis) особливо важливі у харчуванні, оскільки вони є 2 видами, які найчастіше продаються у світі як пробіотики. І навпаки, ми виявили, що вид лактобактерій: L. reuteri, асоціюється із ожирінням (8).

Дослідження змін мікробіоти при важкому гострому недоїданні дозволило виділити втрату анаеробних мікробів та метаногенних архей (9). Нам вдалося пов'язати це із зміною фізико-хімічних умов у травному тракті зі збільшенням окислювально-відновного потенціалу (окислення травного вмісту). Можливо, це окислення, імовірно пов’язане з дефіцитом антиоксидантів у раціоні та відповідальним за окислювальний стрес, спричинює незворотну втрату певних травних мікробів, корисних для дитини. По-друге, ми виявили, які бактерії були втрачені мікробіальною культуромікою, і запропонували пробіотичний коктейль з 13 видів, що містить 5 молочнокислих бактерій (Bifidobacterium adolescentis, Lactobacillus parabuchneri, L. perolens, L. вакциностеркус і Weisselle confusa), але також анаероби, що продукують бутират ( 10). Цей коктейль може бути запропонований для лікування випадків важкої гострої недостатності харчування, резистентної до терапевтичного режиму.

Більш загально, вивчення змін мікробіоти при важкому гострому недоїданні дозволило встановити зв'язок між фізико-хімічним мікросередовищем (окисно-відновним) та загальними змінами мікробіоти. Демонстрація цього зв’язку дозволила продемонструвати, що культура анаеробів та метаногенних архей у кокультурі можлива в присутності кисню (аеробіоз) за умови, що середовище доповнено комбінацією антиоксидантів: аскорбінової кислоти, сечової кислоти та глутатіону ( 11). Це відкриває основні шляхи для вивчення, діагностики та лікування захворювань, пов’язаних з мікробіотою: контроль окисного стресу в травленні, зокрема антиоксидантами, повинен дозволити розвиток здорової зрілої анаеробної мікробіоти, що є ключовою для здоров’я людини. ( 12).

  • Вирощування вибагливих бактерій

Одна з дослідницьких осей групи 1 спрямована на культуру патогенних бактерій людей або тварин, відомих як "важкі" або "вибагливі", зокрема бактерії, які обов'язково або необов'язково є внутрішньоклітинними, а також бактерії з повільним зростанням або ін. раніше вважався "не обробляється". Прикладами є Rickettsiales (Rickettsiaceae та Anaplasmataceae), спірохети, мікобактерії, актиноміцети тощо. Команда працює над вдосконаленням методів культивування цих збудників: формулюючи нові культуральні середовища та адаптуючи протоколи культури. Серед проблем - адаптація спірохет і Т. whipplei до твердого середовища, ізоляція вольбахій та не оброблюваних Anaplasmataceae та дослідження ролі «вибагливих» бактерій у патології хребетних.