Коронавірус 2019-nCoV Румунське товариство мікробіології

Автор: проф. Д-р Симона Руша, UMF Керрол Давіла, Інститут вірусології "Штефан С Ніколау"

У січні 2020 року в місті Ухань, провінція Хуабей, Китай був ідентифікований новий коронавірус, який тимчасово названий 2019-nCoV, пов'язаний з важкими респіраторними інфекціями людини. ВООЗ повідомляв про спалах 44 випадків атипової пневмонії 31 грудня 2019 року, але випадки госпіталізації були госпіталізовані з 1 грудня 2019 року.

Станом на 2 лютого 2020 року в Китаї зареєстровано понад 14 500 підтверджених випадків та 304 смерті, а також 146 випадків з 1 смертю в 23 інших країнах Азії, Австралії, Європи та Північної Америки. Ці цифри швидко змінюються з дня на день, і дослідження, опубліковане в Lancet, засноване на математичному моделюванні, проектує понад 78 000 випадків з експоненціальним зростанням у багатьох великих містах Китаю протягом періоду 1- 2 тижні від випадків Ухані, з високим ризиком глобального поширення за відсутності суворих заходів щодо пом'якшення наслідків передачі та піку епідемії в першій половині 2020 року.

Новий коронавірус 2019-nCoV спочатку був ідентифікований шляхом секвенування NGS (із комбінацією Illumina та Nanopore) та виділений у Китаї на первинних культурах клітин дихальних епітеліальних клітин людини. Раніше два інших зоонозних коронавіруси, швидше за все від кажанів, спричинили серйозні респіраторні епідемії:

SARS-CoV (важкий гострий респіраторний синдром Cov), виявлений у 2002 році на півдні Китаю, в регіоні Гунадун, який швидко поширився у всьому світі, і до моменту його зникнення в 2004 році спричинив понад 8000 випадків захворювання людей та 774 смертей (9,5% смертності);
MERS CoV (Близькосхідний респіраторний синдром коронавірусу), ідентифікований у 2012 році в Саудівській Аравії, широко поширений у 27 країнах, все ще циркулює на Близькому Сході, і до цього часу призвів до 2521 випадків та 919 смертей (35% смертності), також пов’язаний із шлунково-кишковими симптомами та гострою нирковою недостатністю.

Спосіб передавання
Більшість початкових випадків, спричинених 2019 р. У CoV, були пов’язані з місцевим ринком продажу живих тварин, екзотичного м’яса тварин та свіжих морепродуктів [19, 20], що передбачало зоонозну передачу вірусу від одного виду до іншого. невідомо. Однак в даний час в Китаї спостерігається стійка міжособистісна респіраторна передача, а в інших країнах траплялося кілька вторинних випадків міжлюдської передачі. Деякі повідомлення показують, що вірус також може передаватися від людей в інкубації (тривалість яких оцінювалась у 2,5-9 днів). Реальний рівень легких не госпіталізованих інфекцій поки не відомий, але, схоже, можуть бути безсимптомні інфекції, передача яких від них малоймовірна. MERS CoV часто спричиняв безсимптомні інфекції, тоді як ГРВІ CoV майже ніколи.

Жоден із трьох зоонозних коронавірусів, як видається, не має високої контагіозності, швидкість розмноження R0 оцінюється як 2,4-2,68 для 2019 нКов. Респіраторна передача через краплі Pfluge або фоміти є домінуючою для всіх 3 зоонозних коронавірусів. У випадку ГРВІ CoV та MERS CoV вторинна передача в основному була внутрішньолікарняною, аерозолі, що утворюються під час таких медичних процедур, як ендотрахеальна інтубація, бронхоскопія, введення аерозольних препаратів) сприяли поширенню захворювання.

Як у ГРВІ, так і у MERS існували так звані пацієнти, які усували дуже високі концентрації вірусу, створюючи значну кількість вторинних випадків. У випадку ГРВІ також було виділено можливу фекально-оральну передачу, з випадків профузної водянистої діареї. У житловому комплексі в Гонконгу (сад Амой) було зафіксовано не менше 300 випадків ГРВІ, переданих від пацієнта з діареєю, який забруднив каналізацію будівлі, вірус був виділений із стоків ванних кімнат.

Походження
Геномний аналіз показав, що 2019-nCoV є відмінним бета-коронавірусом від коронавірусів SARS CoV та MERS CoV. У всіх трьох зоонозних коронавірусах в якості резервуарів є кажани, але вони походять від різних видів і передаються людям через проміжного господаря. Для 2019-nCoV він досі невідомий, тоді як для ГРВІ CoV він представлений цибетою (пальмова цивета), а для MERSCoV - верблюдом. Філогенетичний аналіз показує нещодавнє впровадження 2019-nCoV в людську популяцію, а також спорідненість з коронавірусом, раніше виділеним від кажанів у провінції Юньнань (BatCoV RaTG13), до якого існує 96,3% генетична схожість.

Результати секвенування по всьому геному показують, що 2019-nCoV є відмінною кладою від інших подібних SARS-подібних коронавірусів у кажанів і не є рекомбінантом серед інших коронавірусів людини або тварин, як пропонують попередні дослідження, засновані на аналізі вірусних послідовностей глікопротеїнів.

Клітинні рецептори
SARS CoV використовує металопептидазу АПФ II (перетворюючий фермент ангіотензину 2), присутню в епітеліальних клітинах нижніх дихальних шляхів, що пояснює помітну пізню екскрецію вірусу під час захворювання (через 10 днів від початку) та частоту передачі в лікарні., за допомогою процедур генерування аерозолю. Деякі попередні дослідження показують, що той самий рецептор буде використовуватися до nCoV 2019 року.
MERS Cov використовує окремий рецептор, дипептидилпептидазу-DPP4 (CD26), яка знаходиться в нижніх дихальних шляхах, особливо в клітинах альвеолярного епітелію, а також в інших тканинах, що пояснює часту асоціацію респіраторних симптомів із шлунково-кишковими та шлунково-кишковими симптомами. гостра ниркова недостатність. Численні дослідження вивчали надмірну експресію цієї молекули у пацієнтів із супутніми захворюваннями (ожирінням, астмою), супутніми вірусними інфекціями та курцями, які, як вважають, мають ризик важкого розвитку хвороби.

В даний час діагностика зараження новим коронавірусом заснована на виявленні вірусної нуклеїнової кислоти методом ПЛР у режимі реального часу в носоглотковому ексудаті, бронхоальвеолярному промиванні або трахеобронхіальному аспіраті. Необхідні протоколи та реагенти можна отримати через ВООЗ та CDC, США. Невдовзі можуть бути проведені тести на виявлення антитіл проти 2019-nCoV, що дозволяють оцінити серорозповсюдженість інфекції та виділити безсимптомні інфекції. Нещодавно 2019-nCoV був виділений на культурах клітин в Австралії в Інституті інфекції та імунітету Пітера Доерті в Мельбурні. Лабораторія, перша за межами Китаю, яка отримала вірусний штам від пацієнта, співпрацюватиме з ВООЗ з розподілу ізоляту до інших референтних центрів.

Лікування зоонозних коронавірусних інфекцій
В даний час лікування є симптоматичним та підтримуючим, етіологічного лікування немає. Експериментально ряд антивірусних препаратів широкого спектру тестування виявляються на коронавірусні інфекції, включаючи 2019-nCoV.
Для інфекції MERS CoV у клінічному дослідженні (MIRACLE) в Саудівській Аравії тестується комбінація інтерферону бета та інгібітора протеази (лопінавір у поєднанні з фармакологічним підсилювачем - ритонавіром - загальновживаною формулою при ВІЛ-інфекції), яка була ефективною у in vitro. Модельні дослідження на тваринах показали чудовий ефект вірусного інгібітора РНК-полімерази - ремдезивіру, який покращує функцію легенів і зменшує як вірусне навантаження, так і пошкодження легенів.

Раніше під час епідемій, спричинених ГРВІ CoV та MERS CoV, обсерваційні дослідження показали деякі супутні клінічні переваги: пасивна імунопрофілактика на основі введення плазми від вилікуваних пацієнтів; комбіноване застосування ПЕГ ІФН альфа та рибавірину, комбіноване застосування високих доз кортикостероїдів та інтерферону альфакон-1. Ряд традиційних китайських ліків використовується емпірично. Постійний скринінг бібліотек хімічних сполук та баз даних для пошуку ефективних противірусних потенціалів.

профілактика
В даний час не існує вакцини проти коронавірусу. Попередні дослідження були проведені під час епідемії ГРВІ CoV, але залишені після зникнення вірусу. В даний час багато кандидатів на вакцини розробляються та тестуються в дослідженнях, що фінансуються як фармацевтичними компаніями, так і NIH, США, а також глобальним альянсом Cepi (партнерство між державними, приватними, благодійними та громадськими організаціями) для інновацій у готовність до епідемій.

Заходи охорони здоров'я
ВООЗ оголосила 30 січня епідемію, спричинену новим коронавірусом 2019-nCoV, міжнародною надзвичайною ситуацією в галузі охорони здоров'я. Це сигналізує про необхідність міжнародно скоординованого швидкого реагування, зокрема для запобігання накопиченню справ у регіонах з обмеженими ресурсами. Ніяких обмежень щодо руху транспорту для товарів і людей не накладається, але, як очікується, кожна країна проведе аналіз ризику та вигоди таких заходів. Кожна країна повинна бути готова до активного нагляду, раннього виявлення, ізоляції та ведення випадків, ідентифікації контактів та запобігання подальшому поширенню інфекції nCoV 2019 року і повинна співпрацювати з ВООЗ.
Раніше Китай запровадив повний карантин для кількох мегаполісів (> 54 мільйони чоловік), першим був Ухань, місто з 11 мільйонами людей, де вперше було діагностовано інфекцію. 23 січня громадський транспорт міста, а також повітряний та залізничний рух з Ухані були припинені, намагаючись зупинити розповсюдження нового коронавірусу.

Ряд країн ввели заборони на в'їзд для людей, яким загрожує передача нового коронавірусу. Ці заходи виправдані, якщо взяти до уваги те, як епідемія ГРВІ еволюціонувала з 2003-2004 рр., Приклад того, що означає новий вірус в умовах глобалізації, надмірної урбанізації, з перенаселеністю та високою швидкістю руху.

ГРВІ була визнана наприкінці лютого 2003 р. Після діагностики інфекцій у Китаї з листопада 2002 р., Проте ВООЗ не повідомляла про це. Індексом передачі хвороби за межі материкового Китаю був 65-річний лікар, який доглядав за хворими на ГРВІ в Гуандуні. 21 лютого 2003 року він зупинився в готелі в Гонконзі, маючи ознаки респіраторної хвороби, яка почалася 6 днів тому. Його здоров’я стрімко погіршувалося, його через день госпіталізували, а він помер 4 березня.

Серія вторинних випадків трапилася в лікарні, і 17 людей, які контактували з індексним пацієнтом у готелі, були інфіковані, що спричинило епідемію Гонконгу. Деякі з них подорожували до В’єтнаму, Сінгапуру та Торонто, де стали джерелом місцевих епідемій. 28 лютого 2003 року пацієнт із грипоподібними симптомами потрапив до невеликої приватної лікарні в Ханої, В'єтнам; 60 медичних працівників хворіють. Доктор Карло Урбані, регіональний співробітник ВООЗ, швидко запровадив повний лікарняний карантин, обмеживши тим самим поширення хвороби, та попередив ВООЗ про новий синдром. Сам він пробув у лікарні до 11 березня, коли поїхав до Бангкока, Таїланд; під час польоту стає симптоматичним, ізолюється в аеропорту і помирає через 18 днів, 29 березня 2003 року. 12 березня 2003 року ВООЗ видала глобальне попередження про охорону здоров'я, а через три дні найбільша міжнародна мережа лабораторій дослідження нового синдрому, яке дозволило б виявити ГРВІ CoV.

Вибіркова бібліографія
Спеціальна сторінка, присвячена новому коронавірусу, підтримується
Медичний журнал Нової Англії - https://www.nejm.org/coronavirus
Lancet https://www.thelancet.com/coronavirus
ВООЗ https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019
CDC https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/index.html
ECDC https://www.ecdc.europa.eu/uk/geographic-distribution-2019-ncov-cases

Найважливіші статті згадуються нижче, а висновок щодо швидкості публікації опублікували: Rubin EJ, Baden LR, Morrissey S, Campion EW. Медичні журнали та спалах 2019-nCoV. N Engl J Med. 2020 січня 27. doi: 10.1056/NEJMe2001329. [Epubahead друку] PubMed PMID: 31986242

Ізоляція 2019-nCoV

Чжу Н, Чжан Г, Ван Ш, Лі Х, Ян Б, Пісня Дж, Чжао Х, Хуан Б, Ши Ш, Лу Р, Ніу П, Чжан Ф, Ма Х, Ван Д, Сю Ш, Ву Г, Гао Г.Ф., Загар W; Китайська роман з розслідування та досліджень коронавірусу. Новий коронавірус від хворих на пневмонію в Китаї, 2019 р. N Engl J Med. 2020 р. 24 січня. Doi: 10.1056/NEJMoa2001017. [Epub перед друком] PubMed PMID: 31978945.
Чан Дж. Геномна характеристика нового людсько-патогенного коронавірусу 2019 року, виділеного від пацієнта з атиповою пневмонією після відвідування міста Ухань. Emerg Microbs Infect. 2020 грудня; 9 (1): 221-236. doi: 10.1080/22221751.2020.1719902. PubMed PMID: 31987001.
Chen Y, Li Q, Guo D. Нові коронавіруси: структура геному, реплікація та патогенез. J Med Virol. 2020 р. 22 січня. Doi: 10.1002/jmv.25681. [Epub beforeof print] Огляд. PubMed PMID: 31967327.

Еволюція епідемії

Інфекційна клініка

Хуанг С, Ван І, Лі Х, Рен Л, Чжао Дж, Ху Ю, Чжан Л, Вентилятор Г, Сюй Дж, Гу Х, ЧенцЗ, Ю Т, Ся Дж, Вей Й, Ву Ш, Сі Х, Інь Ш, Li H, Liu M, Xiao Y, Gao H, Guo L, XieJ, Wang G, Jiang R, Gao Z, Jin Q, Wang J, Cao B. Клінічні особливості пацієнтів, інфікованих новим коронавірусом 2019 року в Ухані, Китай. Ланцет. 2020 січня 24. Pii: S0140-6736 (20) 30183-5. doi: 10.1016/S0140-6736 (20) 30183-5. [Epub перед друком] PubMed PMID: 31986264.
Chan JF, Yuan S, Kok KH, To KK, Chu H, Yang J, Xing F, Liu J, Yip CC, Poon RW, Tsoi HW, Lo SK, Chan KH, Poon VK, Chan WM, Ip JD, Cai JP, Cheng VC, Chen H, HuiCK, Yuen KY. Сімейний кластер пневмонії, асоційований з новим коронавірусом 2019 року, що вказує на передачу від людини до людини: дослідження сімейного кластера. Ланцет. 2020 січня 24. Pii: S0140-6736 (20) 30154-9. doi: 10.1016/S0140-6736 (20) 30154-9. [Epub перед друком] PubMed PMID: 31986261.

Походження вірусу та клітинних рецепторів

Корман В.М., Ландт О, Кайзер М, Моленкамп Р, Мейєр А, Чу ДК, Блейкер Т, Брюнінк С, Шнайдер Дж, Шмідт М.Л., Малдерс Д.Г., Хаагманс Б.Л., ван дер Веер Б, ван ден Брінк С, Війсман Л, Годерскі G, Romette JL, Ellis J, Zambon M, Peiris M, Goossens H, Reusken C, Koopmans MP, Drosten C. Виявлення нового коронавірусу 2019 року (2019-nCoV) методом RT-PCR в режимі реального часу. Євро Surveill. 2020 січня; 25 (3). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045. PubMed PMID: 31992387.

Історія епідемії ГРВІ та МЕРС