Сервісний центр NIG NGS з інтегративної геноміки - Інститут генетики людини

Лікар. Габріела Салінас
Керівник NIG
[email protected]

Жаклін Фінк
Технічний асистент
[email protected]

Сюзанна Лютін
Технічний асистент
[email protected]

Сервісна установа NGS з інтегративної геноміки (NIG) є науковою службою Університетського медичного центру Геттінген (UMG) і знаходиться на базі Інституту генетики людини. Ми підтримуємо біомедичні дослідження у галузі геноміки, транскриптоміки та епігеноміки шляхом здійснення геномних аналізів із використанням послідовності наступного покоління (NGS) та застосування методів мікрочипів. Ми надаємо багаторічний досвід, сучасну інфраструктуру та продумані процеси. Ми також працюємо над розробкою нових технологій, які ми потім створюємо як послугу.

центр

Ми пропонуємо своїм користувачам комплексну лабораторну послугу, що складається з препаратів РНК/ДНК, аналізів якості, підготовки зразків для глибокого секвенування та аналізів мікрочипів, і, якщо потрібно, ми також підтримуємо їх великою статистичною та біоінформаційною підтримкою від концепції проекту до аналізу експериментальних даних.

Наші наукові консультації та послуги доступні для дослідницьких груп UMG, а також університетських та неуніверситетських партнерів по співпраці на основі розподілу витрат.

Технічний нагляд за службою здійснює директор Інституту генетики людини проф. Бернд Волнік. Керівництво закладом обслуговування покладається на Dr. Габріела Салінас.

Ми будемо раді надати Вам наш досвід для первинної консультації та/або підготувати для Вас пропозицію.

Послуги та обладнання

доручення

Зв'язок

Публікації

Послуги та обладнання

Наш повний сервіс включає первинне обговорення проекту проекту, підготовку зразків, проведення молекулярного аналізу та надання сформованих даних для подальшого аналізу (генерація даних першого проходу).

Послуги

Планування проекту

Успішний експеримент на основі NGS вимагає попереднього ретельного розробки детального плану проекту. Наша мета - отримати високоякісний матеріал та статистичну значимість шляхом оптимального налаштування. Наприклад, ми уточнюємо наступні запитання з нашими користувачами:

  • Яке питання/гіпотеза експерименту?
  • Як це питання найкраще перекласти на статистично релевантну та економічну установку?
  • Яка точна мета експерименту?
  • Який тип і кількість зразків потрібні для отримання надійного результату?
  • Як отримують ці зразки?
  • Який метод вилучення РНК/ДНК підходить?
  • Як можна зберегти цілісність РНК/ДНК?
  • Яку платформу/технологію слід використовувати?

Послідовність наступного покоління

Секвенування наступного покоління (NGS) - це високопродуктивний процес, який забезпечує швидке секвенування пар основ у зразках ДНК або РНК. Питання, для яких може бути використана технологія NGS, різноманітні. Вони вимагають аналізів на основі ДНК і РНК і призначені для виявлення основних геномних змін (наприклад, зміни кількості копій), а також змін окремих нуклеотидів. Аналізи експресії генів, виявлення епігенетичних змін та молекулярні аналізи за допомогою аналізів метилювання ДНК також можливі та необхідні. NGS сприяє відкриттю та забезпечує майбутнє персоналізованої медицини.

Мікрочипи

Наш спектр послуг включає широкий спектр програм на основі мікрочипів. Використовуючи дві платформи (Agilent та Affymetrix), ми підтримуємо наших користувачів, зокрема, у проведенні експериментів з мікрочипами для аналізу експресії геному, масивів екзонів, аналізів miRNA, аналізів генотипування, масивів CGH та SNP масивів.

Аналіз даних/біоінформатика

Ми допомагаємо в плануванні експериментальної концепції, аналізі даних, підготовці даних у видаваних зображеннях та інтерпретації результатів аналізу, і рекомендуємо подальший аналіз, якщо це необхідно. Ми підтримуємо широкий спектр програм на базі NGS як з опублікованими, так і з власними пакетами програм. Формування даних включає перевірку якості та, за бажанням, фільтрування та обрізання даних. Аналіз даних включає комплексний контроль якості, картографування, підсумовування зчитування/виклик SNP, візуалізацію даних, статистику, функціональну анотацію та інтерпретацію даних.

Якщо стандартні процедури відхиляються від лабораторних протоколів або статистичного аналізу та візуалізації, ми можемо діяти на основі співпраці.

Меблі

Ми маємо сучасне високоефективне обладнання для економічного та ефективного впровадження широкого спектру аналізів.

Одноклітинне секвенування

C1 System Fluidigm

Автоматизація NGS та контроль якості зразків

Автоматизована підготовка зразків секвенування наступного покоління від Beckman Coulter

доручення

Ми з радістю зробимо вам особисту пропозицію. Для замовлення аналізу надішліть нам заповнений документ електронною поштою на адресу [email protected].

Рамкові умови, викладені в правилах користувача та робочій концепції, застосовуються до здійснення запитуваного аналізу.

Зв'язок

В ідеалі, зв’яжіться з нами якомога раніше у своєму проекті. Таким чином, ми можемо спільно розробити оптимальну стратегію, яка відповідає потребам загальногеномного аналізу.

Ваша контактна особа

Лікар. Габріела Салінас
Керівник NIG

Подання зразків

Будь ласка, надішліть свої зразки за адресою:

Лікар. Габріела Салінас
NGS-інтегративна геноміка (NIG)
Університетський медичний центр Геттінген (UMG)
Юстус-фон-Лібіг Вег 11
37077 Геттінген

Публікації NIG

2015 і раніше

Довгострокові ефекти емпагліфлозину на збудження-скорочення-зчеплення в індукованих людиною плюрипотентних кардіоміоцитах стовбурових клітин
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020, 9 жовтня. [Epub попереду друку]

Транслатом моторного нейрона виявляє дерегуляцію SYNGR4 та PLEKHB1 у мутантних моделях бічного аміотрофічного склерозу TDP-43
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 липня: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Онлайн перед друком.

Характеристика циркулюючих клітин раку молочної залози з туморогенною та метастатичною здатністю
Кох C, Куске A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 липня: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Онлайн перед друком.

Інтронічне відновлення CRISPR в доклінічній моделі кардіоміопатії, пов’язаної із синдромом Нуна
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Нюрнберг П., Пауль Т., Ціммерманн В.Х., Хасенфус Г.
Тираж. 2020 лип. 6. doi: 10.1161/ЦИРКУЛЯЦІЯAHA.119.044794. Онлайн перед друком.

Медіація ДНК, опосередкована модуляцією ендоцитозу як потенційний механізм регулювання синаптичної функції в мишачих інгібуючих кортикальних інтернейронах
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Германн Дж., Коста I, Пілер Т., Хюбнер, Каліфорнія, Ваттер Н, Кампа Б, Беккер АЙ, Ціммер-Бенш Г.
Cereb Cortex 2020 1 червня; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сиалілювання IgG Fc регулюється під час реакції зародкового центру при імунізації різними ад'ювантами
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Брауманн Д, Гобуш Дж., Кухнігк К, Кремер В, Штейнгаус М, Бланшар V, Гемолл Т, Габерман Ж.К., Коллін М, Салінас Г, Манц Р.А., Фукуяма Н, Корн Т, Вайсман А, Йогев Н, Хубер С, Рабе Б., Роуз-Джон С, Буш Х, Берберіх-Зібельт Ф, Хельшер С, Вурер М, Елерс М.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 травня: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Мутації De novo у FBRSL1 викликають нові впізнавані вади розвитку та синдром інтелектуальної інвалідності
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Хам Генет. 2020 18 травня.

Інгібування аутофагічного білка ULK1 послаблює дегенерацію аксонів in vitro та in vivo, посилює трансляцію та модулює сплайсинг
Вахсен Б.Ф., Рібас В.Т., Сундермейер J, Бокер А, Дамбек В, Ленц С, Шомроні О, Кальді Гомес Л, Татенхорст Л, Барскі Е, Росер АЕ, Мішель У, Урлауб Х, Салінас Г, Бар М, Кох Й.С., Лінгор P
Клітинна смерть різниться 2020 квітня 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub перед друком]

Різноманітність клінічно релевантних результатів, обумовлених гіпофракційним випромінюванням у дзеркалах стовбурових клітин гліоми людини.
Каласаускас Д, Сорокін М, Спранг Б, Ельмасрі А, Віхвег С, Салінас Г, Опіц Л, Раве-Фраенк М, Шульц-Шеффер З, Кантелхардт СР, Гізе А, Буздін А, Кім Е.Л.
Раки (Базель) 2020 1 березня; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/раки12030570.

Амоній діє систематично, тоді як нітрат надає додатковий місцевий ефект на вузлики Medicago truncatula
Шульце Дж., Лізе Р., Балестерос Г., Касьєрі Л., Салінас Г., Кабеса Р.А.
Рослин Sci. 2020 р.; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 груд.

Збільшення присутності та диференціальний молекулярний імпринт транзитно-посилюючих клітин при псоріазі
Вітте К, Юрхотт К, Крістоу Д, Гехт Дж, Салінас Г, Крюгер У, Кляйн О, Коколакіс Г, Вітте-Гендель Е, Месснер Р, Волк HD, Волк К, Сабат Р
J Mol Med 2020 січня; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 грудня.

Опосередкована CRISPR активація ендогенної експресії генів у постнатальному серці
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 січня; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 листопада.