SYSTOMONAS - інтегрована база даних; біологія; псевдомонада; СИСТЕМОНИ
для системного біологічного аналізу PseudomonasClaudia Choi1, Richard Mu nch1, Stefan Leupold1, Johannes Klein1, Inga Siegel1, Bernhard Thielen2, Beatrice Бенкерт1, Мартін Куклік1, Макс Шоберт1, Йенс Бартельмес2, Крістіан Ебелінг2, Ісам Хаддад1, Моріс Шеер1,4, Андреас Гроте1,3, Карстен Хіллер1, Бойке Бунк1, Керстін Шрайбер1, Іда Реттер1, Дітмар Шомбург2 та Дітер Інтертейн, 1 Технічного університету Брауншвейга, Шпільманштрассе 7, D-38106
Брауншвейг, Німеччина, 2Інститут СИСТОМОНИ
- für Biochemie, Universita tzuKo ln, Zu lpicher Straße 47, D-50674 Ko ln, Німеччина, 3Інститут інженерії біопроцесів, Технічний університет Брауншвейга, Gaußstraße 17, D-38106 Брауншвейг, Німеччина та4 Кафедра комп'ютерних наук, Університет прикладних наук Вольфенбу Тел, Амер Ексер 2 Тел., D-38302 Wolfenbu Tel, Німеччина Отримано 11 серпня 2006 р .; Переглянуто та прийнято 5 жовтня 2006 року.
- Заснована база даних SYSTOMONAS (системна біологія псевдомОМОНАС). На додаток до власних експериментальних даних про метаболом, протеоми та транскрипцію, були збережені різні додаткові прогнози клітинних процесів, такі як генні регуляторні мережі. Реконструкція метаболічних мереж у системі SYSTOMONAS проводилася шляхом порівняння
досягнута геноміка. Широка інтеграція даних здійснюється за допомогою мильних інтерфейсів для створених баз даних Brenda, KEGG та PRODORIC. Для аналізу збережених даних SYSTOMONAS та візуалізації відповідних результатів пропонуються різні інструменти, які дозволяють швидко зрозуміти метаболічні шляхи, геномні структури або промоторні структури SYSTOMONAS. Основна увага в системі SYSTOMONAS зосереджена на псевдомонадах, зокрема на pseudomonas aeruginosa, умовно-патогенному збуднику для людини. За допомогою цієї бази даних ми хотіли б заохотити спільноту севдомонів з’ясувати клітинні процеси, що представляють інтерес, використовуючи стратегію інтегрованої системної біології. СИСТОМОНИ База даних доступна за адресою http://www.systomonas.de. СИСТОМОНИ традиційно мотивовані
метаболічні та генні регуляторні мережі аналізуються окремо. Існують різні інструменти для відновлення метаболічної мережі [Z. Б. (1-3)] а для генерації генно-регуляторних мереж (4) DH передбачає регуляцію певних генів за допомогою певних факторів транскрипції. Однак, все ще існує лише декілька інструментів, що поєднують обидві мережі, таких як Pathway Tools Omics Viewer (5). Цей поганий зв’язок між двома описаними Підходи можуть бути пов’язані з тим, що необхідний коментар prendre soin de soi en télétravail або інформація про бюро зберігаються в різних базах даних. Інформація про сайти зв'язування факторів транскрипції
можна знайти, наприклад, у біології регулон
DB (6) або PRODORIC (7), тоді як метаболічні реакції або шляхи з інших баз даних, таких як BRENDA (8), BioCyc (5), KEGG (9), PseudoCyc(10) та UM-BDD (11). Поєднання знань з різних дисциплін та ресурсів даних покращить наше розуміння клітинних процесів і призведе до прогнозування клітинної поведінки в цілому. В результаті ми створили базу даних SYSTOMO-NAS, яка є основою для підходу до системної біології. Тут ми зосереджуємось на інтеграції даних для біології, біотехнологічно та медично відповідної групи бактерій
ЗМІСТ складності системного підходу до системної біології вимагає зосередження уваги на певному добре вивченому організмі. Ми вибрали біологію грамнегативних протеобактерій Pseudomonasaeruginosa. Цей організм є різнобічною ґрунтовою бактерією та важливим умовно-патогенним мікроорганізмом, який викликає стійку інфекцію у пацієнтів із ослабленим імунітетом (12). Наша довгострокова мета - розробити динамічну модель, що імітує поведінку P. aeruginosaduring інфекції. Основою нашого підходу є SYSTOMONAS, всеосяжна база даних, що містить дані з усіх рівнів аналізу, такі як дані мікрочипів та протеоміки, вимірювання біологічних метаболітів, дані послідовностей, генні регуляторні мережі та відповідні дані про ферменти. * Кому слід адресувати відповідність. Тел .: +495313915801; Факс: +49531391 5854; Електронна пошта: [email protected]Ó2006 автор (и) біологія
(uk). Це стаття з відкритим доступом, що розповсюджується за біологічними умовами некомерційної ліцензії Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/) для необмеженого некомерційного використання, розповсюдження та відтворення в кожен Nucleic Acids Research, 2007, том 35, випуск бази даних D533 - D537doi: 10.1093/nar/gkl823 У нашій базі даних міститься інформація про вісім різних видів та штамів, геноми яких повністю послідовно та функціонально анотовані. Окрім медично значимих P.aeruginosathe generapseudomonas, він містить різні важливі фітопатогенні та біотехнологічно та екологічно цікаві види.