XPARAL; EWSTПерекласти

Графічний розрахунок параметричних вирівнювань

Версія 2.0 з

XPARAL - це програма на базі X-Windows, яка обчислює параметризоване вирівнювання двох послідовностей. Користувач має можливість параметризувати будь-який з термінів функції цілі вирівнювання. Ці параметри включають вагу відповідності, невідповідність, вставки або видалення. Крім того, якщо обрана лінійна або опукла модель зміщення, витрати на ініціювання зміщення та розширення простору також можуть бути параметризовані. Потім XPARAL розбиває дві вхідні послідовності, надані користувачем, залежно від вибраного типу вирівнювання (глобальне, локальне, en d-gap або підрядок). Програма відобразить правий верхній квадрант двовимірного графіка, де осі графіків визначають можливі значення змінних витрат. Простір розділений на опуклі багатокутники, де кожен полігон задає вирівнювання, яке є оптимальним щодо діапазону витрат у полігоні. Користувач може натиснути на полігон і побачити всі оптимальні вирівнювання для цього діапазону в просторі параметрів. Також можна зберегти та надрукувати оптимальні вирівнювання.

xparal

Виконавчі версії цієї програми доступні для таких операційних систем (лише Mac, Linux, Unix та X):

Вихідний код для XPARAL та супутніх файлів: вихідний код тощо.
Якщо ви займаєтесь компіляцією для інших платформ, крім наведених тут, надішліть виконувані файли, які ви розміщуєте тут. Дякую.
XPARAL знаходить оптимальне вирівнювання, припускаючи або однакові оцінки збігів та невідповідностей, або на основі значень з таблиць підрахунків, прочитаних з файлу. Ці файли позначень тепер включені в XPARAL і їх можна вибрати зі спадного меню. XPARAL також дозволяє читати рядки у файлах, окремо або як вирівняні рядки.

  • Натисніть тутщоб отримати приклад файлу вирівняних рядків.

Документація програми доступна в Інтернеті або як документ, що завантажується після приписки.