Геномні хроніки - гаджет "Особистий геном" або революція медицини та науки

Марсель-Ніцца, Генополь, скринька 901, Парк Наукових наук Люміні, 13288 Марсель Седекс 9, Франція

Послідовні оголошення ...

Нова ера досліджень генотипу та асоціацій

Лише кілька років тому визначення алелів Snip 2 у ДНК людини включало досить повільні методи і коштувало близько долара. Ціни різко впали з розвитком ефективних методів, заснованих на мас-спектрометрії та чіпах ДНК. Сьогодні, принаймні у випадку широкомасштабного дослідження, читання Сніпа менше ніж копійки, і останні кулі вАффіметрика або відІлюміна дозволяють одночасно визначати мільйон цих маркерів - до того ж ефективно перераховані та розміщені завдяки роботі консорціуму HapMap [7]. Тому технічно (і фінансово!) Можна дослідити десятки чи сотні тисяч Сніпів у сотень чи тисяч людей - за ціною, яка, звичайно, не є незначною (одиницею обліку є мільйон доларів), але не цілком забороняючою.

Тому ми спостерігаємо розквіт дослідження цілих геномних асоціацій, з метою ідентифікації генів, які певні алелі надають своєму носієві певної вразливості до тієї чи іншої органічної хвороби або навіть схильності до певної поведінки. І деякі з цих досліджень (не всі ...) приходять до вагомих висновків та ідентифікують алелі сприйнятливості, що підтверджується пізніше більш точними дослідженнями, вивчаючи більш обмежений і цілеспрямований набір Сніп у більшої кількості людей. У цьому відношенні ми можемо навести діабет [8] або дегенерацію жовтої плями [9, 10] 3, тоді як інші захворювання, такі як аутизм, шизофренія або гіпертонія, є стійкими, оскільки кількість залучених генів є надто важливою для кожного з них, щоб мати помітний ефект, або тому, що кілька захворювань різної етіології об’єднані під однією назвою. Однак зауважте, що навіть у випадках, коли асоціація підтверджена, відносний ризик 4, який приносить «патогенний» алель, як правило, низький: він часто становить лише 1,2 або 1,5, а n 'у виняткових випадках досягає значення 2. Ми повернемося до цього пізніше ...

особистий

Поширення генетичних тестів

В даний час існує понад тисяча чотириста генетичних тестів. Кожен з них націлений на певну патологію і призначений для виявлення дефекту ДНК, який спричиняє (або робить більш імовірним) цей стан 5. Зазвичай їх використання передбачає втручання лікаря: це правило, особливо у Франції. Тим не менше, особливо в США, багато з цих аналізів доступні кожному, якщо вони готові заплатити ціну. Звичайна вартість становить близько п’ятисот доларів, а вартість для більш складних аналізів, таких як ті, що пропонуються Безліч генетики для мутацій у генах BRCA1 та BRCA2 [11].

Нові гравці: 23andMe, Navigenics ... та DeCode Genetics

Дуже конкретна бізнес-модель

DeCode Genetics також робить це ...

Ця компанія, заснована в 1996 році, відома своїми широкомасштабними дослідженнями асоціацій, що застосовуються до ісландського населення, створення яких викликало багато дискусій [12]. Вона також починає послугу, називається DeCodeMe, яка має приблизно ті самі цілі, що і ці дві стартапи вже цитується. Очевидно, DeCode Genetics має великий досвід роботи в цій галузі, сама відкрила низку асоціацій 7, довела компетентність у великому масштабі обробки генетичних даних і, чесно кажучи, здається набагато серйознішою за своїх конкурентів. Він пропонує свої послуги за тією ж ціною, що і 23і я, і має намір виконати всі роботи за допомогою найефективнішої технічної платформи - можливо Ілюміна, але це не впевнено: DeCode проголошує себе агностик платформи і наполягає на своїх внутрішніх навичках.

Чому дивовижна стратегія

Сумнівна реальна корисність

Що, як правило, затьмарює Навігеніка або 23і я, це низька інтенсивність додаткових ризиків, пов’язаних з різними алелями генів, що беруть участь у складних захворюваннях. Потужність аналізів, що вивчають десятки тисяч фрагментів у сотень чи тисяч людей, переконливо підкреслює алелі вразливості - але відносний ризик від такого алеля рідко перевищує 1,5 і часто становить 1,2. Знаючи, що мій ризик діабету на 20, 30 або 40% перевищує середній - тобто мій ризик абсолютний становить 1,2-1,4% замість звичних 1% - чи справді це ключовий показник, який може призвести мене до здоровішого харчування? Чи справді люди, які платять за такий набір інформації 2500 доларів, справді зазнають наслідків? Як тільки ілюзія, що ДНК розкриє їх долю, буде розвіяна, що вони будуть робити з цими результатами? Мало, мабуть ... Принаймні, будемо сподіватися, що це широке розповсюдження генетичних даних, тлумачення яких є складним, не призведе до невиправданих тривог або необгрунтованого стигматизації носіїв "поганих алелів".

Що робити ?

Хоча параметри системи охорони здоров'я Північної Америки, на щастя, не наші, 12 цей новий аватар геноміки не можна відхиляти, потискаючи плечима. В основному ілюзорне бажання отримати доступ до своєї генетичної долі, (часом виправдана) недовіра до медичного закладу, вимога автономії людей перед їхнім здоров’ям ... ці тенденції також існують серед нас і можуть мотивувати використання послуги Навігеніка, з 23і я або від DeCodeMe - навіть якщо вам доведеться заплатити за них високу ціну. Заборона будь-якого використання цих компаній здається досить химерною: ми спостерігали за дослідженнями батьківства, що Інтернет генетичних тестів не піддається регулюванню. Залишається інформувати громадськість, потенційного клієнта цих фірм, і показати їм межі таких аналізів, які, як стверджується, розкривають їм свою долю, але в підсумку ведуть до рекомендацій, приблизно таких самих базових, як рекомендації кинути палити або кинути палити. ремінь ...

Близько сотні проданих пристроїв для кожного з перших, хто вийшов на ринок, Roche/454 та Illumina/Solexa.

Сніп або SNP, Однонуклеотидний поліморфізм, генетичний маркер, що складається з варіації однієї основи в певній точці ДНК і який широко використовується сьогодні.

Я не претендую на вичерпність і задовольняюся одним чи двома останніми посиланнями.

Відносний ризик 2 означає, що у людини для даного захворювання ризик удвічі більший за середній.

Це, звичайно, не відповідає стільки різним захворюванням: багато тестів, що відрізняються технологією, що використовується, наприклад, мутації, залучені в муковісцидоз.

Понад десять мільйонів доларів за кожного.

Просто виконайте пошук у PubMed, просто вказавши як ключ " Розшифруйте генетику "І щоб побачити кількість отриманих статей: більше ста п'ятдесяти ... Найстаріші в основному стосуються суперечок, порушених на початку, але, починаючи з 2001 року, це в основному наукові результати.

Пам’ятайте, що закон, що забороняє роботодавцям та страховикам будь-якої генетичної дискримінації, проголосований у Палаті представників, досі порушується в Сенаті ...

Очевидно, що ці послуги не будуть відшкодовані за рахунок медичного страхування і залишатимуться відповідальністю заявників.

Зауважимо, що в Сполучених Штатах у пресі часто використовується термін " карта геному »Говорити про послідовність…, що підсилює плутанину.

Його вартість на людину вдвічі перевищує французький показник, тоді як показники тривалості життя або дитячої смертності гірші за наші.

Список літератури

  1. Джордан Б. Викриття «диплоїдного геному» Крейга Вентера. Med Sci (Париж) 2007; 23: 875–6. [Google Scholar]
  2. Джордан Б. Геном, повний дірок і горбків. Med Sci (Париж) 2007; 23: 123–4. [Google Scholar]
  3. Гіршхорн Й.Н., Дейлі МДж. Загальногеномні дослідження асоціації загальних захворювань та складних ознак. Nat Rev Genet 2005; 6: 95–108. [Google Scholar]
  4. Джордан Б. Всебічне генотипування. Med Sci (Париж) 2007; 23: 772. [Google Scholar]
  5. Еванс Ми, Релінг М.В. Перехід до індивідуальної медицини з фармакогеномікою. Природа 2004; 429: 464–8. [Google Scholar]
  6. Хопкінс М.М., Ібаррета Д, Гайтр С та ін. Впровадження фармакогенетики на практиці. Nat Biotechnol 2006; 24: 403–10. [Google Scholar]
  7. Montpetit A, Chagnon F. Карта гаплотипу геному людини: революція в генетиці складних спадкових захворювань. Med Sci (Париж) 2006; 22: 1061–7. [Google Scholar]
  8. Salonen JT, Uimari P, Aalto JM, et al. Дослідження асоціації цілого геному діабету 2 типу у чотирьох популяціях: консорціум DiaGen. Am J Hum Genet 2007; 81: 338–45. [Google Scholar]
  9. Edwards AO, Ritter R III, Abel KJ та ін. Поліморфізм фактора комплементу H та вікова дегенерація жовтої плями. Наука 2005; 308: 421–4. [Google Scholar]
  10. Haines JL, Hauser MA, Schmidt S, et al. Варіант фактора комплементу Н збільшує ризик вікової дегенерації жовтої плями. Наука 2005; 308: 419–21. [Google Scholar]
  11. Cassier M, Stoppa-Lyonnet D. Протидія патентам Myriad Genetics та їх повне або часткове скасування в Європі: перші уроки. Med Sci (Париж) 2005; 21: 658–62. [Google Scholar]
  12. Ходжсон Дж. Генетична спадщина зраджена чи наділена повноваженнями? Nat Biotechnol 1998; 16: 1017–21. [Google Scholar]

Поточні показники використання показують сукупний підрахунок переглядів статей (повнотекстові перегляди статей, включаючи перегляди HTML, завантаження PDF та ePub, відповідно до наявних даних) та подання тез на платформі Vision4Press.

Дані відповідають використанню на платформі після 2015 року. Поточні показники використання доступні через 48–96 годин після публікації в Інтернеті та оновлюються щодня по днях тижня.

Початкове завантаження метрик може зайняти деякий час.