Кількісний СПС у реальному часі в промисловості; Новини-Медичні
Застереження: Ця сторінка є автоматичним перекладом цієї сторінки спочатку англійською мовою. Зверніть увагу, оскільки переклади створюються машинно, не всі переклади будуть ідеальними. Цей веб-сайт та його веб-сторінки призначені для читання англійською мовою. Будь-який переклад цього веб-сайту та його веб-сторінок може бути неточним і неточним, повністю або частково. Цей переклад подано на практиці.
Посилення специфічних фрагментів ДНК
Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) - метод, який використовує механізм реплікації ДНК для ампліфікації певної частини ДНК. Це передбачає використання ДНК-полімерази, яка утворює нові ланцюги ДНК із використанням вільних нуклеотидів.
Використовуючи два короткі шматочки ДНК, відомі як праймери, можна направити ДНК-полімеразу до певних областей ДНК. При нормальній реакції ПЛР існують цикли реакцій, які експоненційно посилюють мішень ДНК.
Як Ви вимірюєте кількість мішені ДНК ?
Флюоресцентний барвник у реальному часі або кількісний ПЛР (qPCR) використовується для пошуку ампліфікації, як це відбувається в реальному часі. При низьких концентраціях ознака флуоресценції не виявляється над фоном. Зі збільшенням рівня зростає і знак флуоресценції. Кількість циклів, необхідних для того, щоб знак флуоресценції став виявленим, відоме як "значення Ct". Значення Ct виражаються як числа циклів, тобто якщо знайденню знака потрібно 15 циклів, то значення Ct дорівнює 15. Більша кількість ДНК означає, що знаку флуоресценції потрібно менше часу, щоб встановити над фоновим шумом, що, в свою чергу, означає, що потрібно менше циклів . Отже, вищі концентрації ДНК мають нижче значення Ct.
Якщо поряд із досліджуваними зразками використовують відомі концентрації ДНК, то можна виміряти кількість ДНК у досліджуваних зразках. Це можливо через взаємозв'язок між значенням Ct і кількістю ДНК-мішені; різниця на одне значення Ct (цикл) відповідає подвійній різниці в кількості ДНК. Отже, якщо відома кількість ДНК мала значення Ct 15, а тестовий зразок мав значення Ct 14, то тестовий зразок має подвоєну кількість ДНК.
Різні флуоресцентні барвники
Існують різні типи флуоресцентних барвників, які можна використовувати в qPCR; специфічні та неспецифічні барвники. Неспецифічні барвники, такі як зелений SYBR, пов'язують неспецифічно з дволанцюжковою ДНК. Зі збільшенням кількості продукту ПЛР це утворює більше дволанцюжкової ДНК, до якої SYBR зелений зв'язується. Це послідовно означає, що існує більш інтенсивний флуоресцентний знак. Однак проблема полягає в тому, що вона може зв'язуватися з будь-якою дволанцюжковою ДНК, такою як праймери, а не лише з цільовою частиною, що підсилюється.
У зонди входять специфічні барвники, такі як зонд TaqMan. Зонд TaqMan - це специфічна послідовність ДНК, яка діє як праймер для ДНК-полімерази. До фрагмента ДНК додають флуоресцентний барвник і гаситель; Через безпосередню близькість вогнегасника до флуоресцентного барвника, барвник не видає флуоресцентного знаку. Коли ДНК-полімераза розширюється від зонда, гаситель відрізається від зонда, і це призводить до виділення флуоресценції з барвника. Через специфічну природу зонда єдиною випромінюваною флуоресценцією буде посилена об'єктивна послідовність.
Як qPCR використовується в промисловості ?
У харчовій промисловості qPCR може використовуватися для виявлення патогенних мікроорганізмів та наявності генетично модифікованих організмів (ГМО). Це гарантує, що їжа не забруднюється патогенами, і що споживачі в повній мірі усвідомлюють, що вони збираються споживати.
Традиційні методи пошуку збудників їжі покладаються на методи вирощування, які вимагають багато часу. Використання qPCR набагато швидше і може бути більш вибірковим, особливо якщо використовується такий зонд, як TaqMan.
Крім того, qPCR може бути використаний у дослідженнях. Наприклад, у дослідженні Malorny та співавт. Для дослідження харчових отруєнь застосовано підхід, що базується на TaqMan, щоб з’ясувати, чи можна знайти бактерії сальмонели. Сальмонела - це бактерія, яку можна виявити в кишечнику людей і тварин, що спричиняє харчові отруєння, якщо їсти забруднене м’ясо, яйця або молочні продукти. У ході дослідження автори перевірили ймовірність виявлення сальмонели у зразках їжі, таких як м’ясо та сире молоко; вони виявили, що їх qPCR є дуже точним.
Хоча qPCR є хорошою альтернативою вирощуванню, існують і мінуси використання qPCR; наприклад, реагенти, що використовуються в qPCR, є дорогими, і це набагато більш вимогливий у технічному плані підхід до вирощування. Крім того, в даний час не існує стандартизованого методу, тому було б важко запровадити використання qPCR як протоколу з безпеки харчових продуктів.
Джерела
Подальше читання
Доктор Махо Йокогама
Доктор Махо Йокояма - дослідник і науковий письменник. Вона отримала ступінь доктора філософії в Університеті Бата, Великобританія, після дисертації в галузі мікробіології, де вона застосувала функціональну геноміку до золотистого стафілокока. Під час навчання в докторантурі Махо співпрацювала з іншими науковцями над кількома статтями і навіть публікувала деякі власні роботи в рецензованих наукових журналах. Вона також презентувала свої роботи на академічних конференціях по всьому світу.
Цитати
Будь ласка, використовуйте один із наступних форматів, щоб цитувати цю статтю у своєму есе, роботі чи доповіді:
Йокояма, Махо. (2018, 23 серпня). PCA в реальному часі/кількісна кількість у промисловості. Новини-Медичні. Отримано 29 січня 2021 року з https://www.news-medical.net/life-sciences/Real-TimeQuantitative-PCR-in-Industry.aspx.
Йокояма, Махо. "PCA в реальному часі/кількісний показник у галузі". Новини-Медичні. 29 січня 2021 року. .
Йокояма, Махо. "PCA в реальному часі/кількісний показник у галузі". Новини-Медичні. https://www.news-medical.net/life-sciences/Real-TimeQuantitative-PCR-in-Industry.aspx. (доступ 29 січня 2021).
Йокояма, Махо. 2018. Реальний час/кількісний СПС у промисловості. News-Medical, переглянуто 29 січня 2021 року, https://www.news-medical.net/life-sciences/Real-TimeQuantitative-PCR-in-Industry.aspx.
News-Medical.Net надає цю медичну інформаційну послугу відповідно до цих умов. Зверніть увагу, що медична інформація, розміщена на цьому веб-сайті, призначена для підтримки, а не для заміщення стосунків між пацієнтом та лікарем/лікарем та медичної консультації, яку вони можуть надати.
News-Medical.net - Сайт AZoNetwork