Новини діаспори Досягнення учнів; з кафедри генетики; на факультеті; ii біології
Команда спеціалістів та студентів генетичного факультету біологічного факультету Бухарестського університету провела першу секвенування генотипу багатоклітинного еукаріотичного організму (до цієї категорії належать усі рослини та тварини), повністю виготовлену в Румунії. Назва генотип більше підходить для генетичної інформації особини або місцевої популяції, ніж загальний термін геном, який слід використовувати для виду.
Команда лабораторії Drosophila здійснила секвенування генотипу (секвенування цілого генома) місцевої лінії Drosophila melanogaster (оцтовий комар), отриманої від особин, зібраних з підгірного місця Romanii de Sus - Horezu (Vâlcea) та стабілізованих у лабораторії.
Практичний досвід, накопичений у цьому пілотному проекті, дозволить команді лабораторії дрозофіли на біологічному факультеті УБ вирішити багато теоретичних та практичних питань, пов’язаних з геномікою та генетикою D. melanogaster, а також розглянути питання послідовності генотипів та геномів інших ліній або цікаві види, включаючи Homo sapiens.
Насправді, однією з основних дослідницьких робіт, проведених у лабораторії дрозофіли біологічного факультету УБ, є біоінформатичний аналіз присутності, частоти та розподілу мобільних генетичних елементів, званих транспозонами, у генотипі лінії Хорезу.
Інтерпретація даних секвенування є основною проблемою з точки зору складності програмного забезпечення для біоінформатики та обчислювальної потужності, необхідної для структурної анотації транспозонів, що представляють інтерес, у генотипі лінії D. melanogaster-Horezu.
Цей експериментальний підхід дозволяє підходити до теоретичних та практичних аспектів, пов'язаних з геномікою та генетикою D. melanogaster, а характеристика транспозонів класу II у рідних лініях є предметом докторської дисертації, що у повному розпалі в лабораторії дрозофіли.
Інтерпретація даних послідовності щодо румунської лінії D. melanogaster була проведена в лабораторії дрозофіли біологічного факультету УБ, в тому числі за допомогою програми біоінформатики Genome ARTIST (www.genomeartist.ro), також розробленої в цій лабораторії.
Члени команди, які беруть участь у експерименті з послідовності, є лекцією. ун-т. д-р Rațiu C. Attila, докторант Bologa M. Alexandru, студент Ghiță C. Iulian, студент Bălănescu V. Mihnea та доцент Доктор Александру Ал. Ековойу.
Для отримання та обробки нуклеотидних послідовностей потрібен був комп’ютер, оснащений 32 Гб оперативної пам’яті DDR4, процесором i7-6500U, твердотільним накопичувачем 500 Гб та операційною системою LINUX MINT, до якої був підключений пристрій послідовності Oxford Nanopore MinION, щедро наданий колегам-мікробіологам.
Після 48 годин ефективного секвенування було сформовано 36,5 Гб конкретних даних, подальша обробка яких у спеціальному форматі вимагала ще 4 дні безперервного обчислення, завдяки чому комп’ютер працював безперебійно близько 6 днів, протягом 28 лютого 4 березня 2020 р.
Колекція зчитувань (послідовностей) зберігається у міжнародній базі даних Національного центру біотехнологічної інформації (NCBI), і посилання можна отримати тут.