Енергія - підключення енергетичних калорій - CiupaCabra

Я намагаюся оптимізувати взаємодію для серії випадкових молекул і протестувати білок за допомогою док-програми. Програмне забезпечення використовує QM/MMGBSA для обчислення вільної енергії в джоулях (так, це не вимірювання, але дуже наслідкове). Більші молекули автоматично отримують більше вільної енергії, оскільки вони мають високий енергетичний потенціал. Я хотів би поділити вільну енергію на кількість атомів у молекулі або на загальну кількість молекул Дальтона. Ідея полягала б у нормалізації енергії та забезпеченні кількості калорій, пов’язаних із зв’язком. Я попросив університетського професора виміряти ефективність зв'язку таким чином, і він сказав, що не знає, що запропонує джоуль/стіл. Здається, що кількість необхідних калорій можна правильно класифікувати з правильними показниками життєздатності 2 позитивних та 1 негативного контролю, але мені потрібна ця ідея, щоб пройти експертний огляд. Це моя розумна раціоналізація Джоуля/Далтона?

ciupacabra

Він вимірює енергію зв’язку azttp (AZT трифосфат), gtp (гуанін трифосфат) та AZTppppA (AZTP + AMP) на поперечному ВІЛ дикого типу (8ICO). Для мого негативного зразка (AZT + AMP) використовується 8 високоякісних конформерів та незалежних доків із QM/MMGBSA, 5 конформерів для мого основного позитивного зразка (AZTTP) та 1 конформер для другорядного позитивного зразка (gtp). У мене є два-три високоякісних конформера через однакові процеси для кожного тестового зразка.

ВІЛ RT має тунель, в якому аналоги нуклеотидів проходять через кишеню, де, якщо молекула ефективно зв'язується, вона приймається, але якщо не вдається, вона фосфорилюється і виводиться. Я намагаюся створити метрику, за допомогою якої можна виміряти ефективність посилання та дозволити мені визначити ймовірність відхилення (лише). Оскільки док-станція невелика і не змінюється для кожного випробуваного, я хотів би вважати ВІЛ-RT постійною константою.