Мікробіом калу - Деталі біоклінічного аналізу

Тест можна проводити принаймні через 7 днів після закінчення лікування антибіотиками, але рекомендований інтервал становить 14 днів.

У зв’язку з обмеженим періодом стабільності, рекомендується проводити відбір зразків та доставлення зразка в лабораторію ТІЛЬКИ в понеділок та вівторок до 14.00.

Біоклініка Тімішоара: проби відбиратимуть у понеділок, вівторок та середу до 14.00.

Результат англійською мовою протягом максимум 15 робочих днів з моменту надходження зразка до лабораторії-партнера, яка проводить аналіз.

Для цього тесту на сьогодні відсутні референтні значення для дітей віком до 3 років.

Пакет відправляється 1 раз на тиждень (середа) з Тімішоари.

Про аналіз - мікробіом у фекаліях

Огляд

На рівні кишечника існує велика кількість бактерій, грибків та інших мікроорганізмів (до 1000 видів). У здорової дорослої людини є унікальна мікробіота, яка з часом є відносно стабільною. Незважаючи на великі міжіндивідуальні відмінності, є деякі дані, що характеризують збалансовану мікробіоти. Важливою особливістю є переважання облігатно анаеробних бактерій, які належать до філогенетичного підрозділу Bacteroidetes (наприклад, Bacteroidaceae та Prevotellaceae) та Firmicutes (наприклад, Clostridia, Ruminococcaceae та Eubacteriaceae). Актинобактерії та протеобактерії (Enterobacteriaceae та Fusobacteria spp.) Також можуть бути ідентифіковані в збалансованій мікробіоті, але вони мають незначне значення.

Різноманітність

Про різноманітність мікробіома свідчить різноманітність мікроорганізмів, що входять до його складу. Загалом, велика різноманітність мікробіоти є показником здорової кишкової флори. Зниження фізіологічного різноманіття може бути проявом дисбіозу, часто пов’язаного зі збільшенням потенційно патогенних видів бактерій (не належать до класів бактероїдів або клостридій). Харчові звички впливають на флору кишечника, сприяючи розвитку певних видів бактерій. Кишковий мікробіом людини поділяється на три ентеротипи, які відповідають домінуючим бактеріям. Незалежно від національності, статі, віку та маси тіла існує кореляція між мікробами, які кількісно домінують, та рештою вмісту мікробіомів.

Класифікація

Ентеротип I: переважаючим мікроорганізмом є Bacteroides spp., часто асоційований з парабактероїдами, енергія генерується в основному з вуглеводів та білків у процесі бродіння.
Ентеротип II: переважаючими видами бактерій є Prevotella spp., зазвичай асоційована з Desulfovibrio spp. (ці бактерії мають здатність розкладати муцин у слизовій оболонці кишечника).
Ентеротип III: домінуючим мікроорганізмом є Ruminococcus spp., з частою присутністю Акерманзії. Вуглеводи, що утворюються після деградації муцину, всмоктуються, перетинаючи клітинну мембрану за допомогою спеціальних транспортних механізмів.

Хоча біосинтез вітамінів присутній у всіх трьох ентеротипах, ентеротип I виробляє біотин, ентеротип II виробляє тіамін, а ентеротип III бере участь у біосинтезі гему. Деякі автори вказують, що довготривалі харчові звички можуть змінити тип. У деяких дослідженнях ентеротип, в якому переважають Bacteroides spp., Асоціюється з ентеротипом, в якому переважає румінокок.

Кишкові розлади

Запальна хвороба кишечника

Колоректальний рак

Різні публікації описують непропорційний вигляд певних бактерій у калі у пацієнтів з колоректальним раком. Деякі автори обговорюють можливість використання мікробіому як методу скринінгу на рак прямої кишки. У порівнянні зі здоровими людьми, кількість Fusobacterium (особливо F. nucleatum) збільшена. Цей аспект спостерігається також у випадку з Porphyromonas asaccharolytica та Peptostreptococcus stomatis. Про тверді речовини, особливо про рід Clostridia, повідомляється в невеликій кількості, подібно до актинобактерій. У деяких дослідженнях повідомлення про присутність Bacteroidetes відрізняються. Bifidumbacterium spp. Виглядає як позитивний регулятор протипухлинного імунітету.

Синдром подразненого кишечника

У пацієнтів із синдромом подразненого кишечника зазвичай спостерігається підвищений коефіцієнт Firmicutes/Bacteroides. Цей аспект також демонструється при депресії, так що можна обговорювати порушення осі "мозок-кишечник". Дослідження показали, що кількість біфідобактерій часто зменшується, тоді як зміна кількості бактероїдів, лактобактерій та кишкової палички не дуже чітка. Відсоткове збільшення можна спостерігати у випадку штамів Ruminococcus spp. Та Alistipes spp.

Некротизуючий ентероколіт

Некротизуючий ентероколіт є важким захворюванням у новонароджених, із підвищеним рівнем захворюваності та смертності, що особливо часто спостерігається у недоношених дітей (народжених до 32 тижня вагітності) та немовлят з низькою масою тіла. Некротизуючий ентероколіт включає запальне захворювання слизової оболонки кишечника (тонкої та товстої кишки), спричинене бактеріями. Численні дослідження показали, що типові зміни можуть відбуватися в кишковій флорі до 3 тижнів до того, як захворювання набуде клінічного прояву. Наприклад, значне збільшення кількості ентеробактерій, особливо Klebsiella spp., Можна вважати попередженням щодо розвитку хвороби. Збільшення кількості Clostridium perfringens свідчить про ризик розвитку захворювання з набагато важчими проявами. Біфідобактерії та лактобактерії містяться у незначних кількостях у калі у постраждалих новонароджених.

ожиріння

Різні публікації підтверджують зв’язок між ожирінням та змінами складу мікробіому кишечника. Ефективно розщеплюючи неперетравлені поживні речовини, кишкові бактерії можуть забезпечити організм додатковою енергією. Особливо бактерії, що належать до кластеру Firmicutes, можуть метаболізувати харчові волокна у коротколанцюгові жирні кислоти. Збільшена кількість твердих речовин може спричинити більш високе засвоєння калорій, що призводить до збільшення ваги. У людей із надмірною вагою спостерігається підвищений коефіцієнт Firmicutes/Bacteroidetes та низька альфа-різноманітність кишкового мікробіома порівняно з особами з нормальною вагою. В останні роки було виявлено ряд кількісно знижених видів бактерій у осіб із надмірною вагою (наприклад, Akkermansia muciniphila, Lactobacillus gasseri, Faecalibbacterium prausnitzii, Bifidobacterium, Lactobacillus, Butyrivibrio, Alistipes, Akkermanshan, Coprocv).

Діабет 2 типу

Діабет 2 типу - це порушення вуглеводного обміну, при якому інсулін присутній, але має низький клітинний ефект. Ця інсулінорезистентність спричинює збільшення рівня глюкози в крові. Ожиріння є основним фактором ризику цього стану. Точний патогенез захворювання не зовсім відомий. Типові зміни мікробіому кишечника спостерігались у хворих на ожиріння з діабетом 2 типу. Останні публікації свідчать, що ці зміни в кишковій флорі безпосередньо беруть участь у патогенезі діабету типу 2. Через порушення проникності кишечника бактеріальні компоненти підтримують низький рівень запалення, що спостерігається при ожирінні та цукровому діабеті 2 типу. що впливає на проникність кишечника у людей з діабетом та ожирінням, не до кінця відомі.

Серцево-судинні захворювання

Недавні дослідження виявили зв'язок між мікробіомом кишечника та атеросклерозом. Метаболіти (холін, фосфатидилхолін та L-карнітин) у їжі метаболізуються кишковим мікробіомом до триметиламіну, який окислюється печінкою до триметиламіну N-оксиду (ТМАО). У дослідженні Framingham Heart цей метаболіт був одним з небагатьох параметрів сироватки крові з прогностичним значенням для подальшого розвитку серцево-судинних захворювань у ще здорових пацієнтів. Бактерії, відповідальні за утворення триметиламіну, не були повністю ідентифіковані, але, судячи з усього, у цьому процесі беруть участь десульфурікани десульфовібріо і тенерикути. Крім того, збільшення проникності слизової оболонки кишечника для продуктів бактеріального обміну може призвести до хронічного запалення артеріальної стінки. У хворих пацієнтів виявлено підвищений відсоток бактерій Collinsella, тоді як Eubacterium, Roseburia та Bacteroides spp. Є переважно у здорових людей.

Ревматоїдний артрит

Ряд досліджень показав, що люди з ревматоїдним артритом мають низьку частоту груп Bacteroides-Porphyromonas-Prevotella та Eubacterium rectale - Clostridium coccoides. Lactobacillus та Prevotella spp., Особливо P. copri, можуть бути присутніми на ранніх стадіях. У гострих фазах захворювання може спостерігатися підвищена частка Lactobacillus salivarius, Gordonibacter pamelaeae та Clostridium asparagiforme, відповідно зменшена присутність Haemophilus spp.

Комплексний аналіз мікробіома проводиться з калом методом наступного покоління секвенування наступного покоління (NGS) і дозволяє ідентифікувати всі мікроорганізми, що знаходяться в кишечнику (до 1000 різних видів). Здорова доросла людина має унікальний, відносно стабільний мікробіом протягом усього життя.

Роль кишкового мікробіома

Він відіграє важливу роль у повсякденному житті та забезпечує нормальне функціонування людського організму (синтезує вітаміни - В1, В2, В6, В12, К2, К, Н та незамінні амінокислоти)
Усуває продукти обміну речовин
Забезпечує калорії (до 10%)
Боротьба з патогенами

У кожної людини є унікальний мікробіом, схожий на відбиток пальця. На рівні кишечника є 10 мільярдів бактерій (у 10 разів більше клітин в організмі людини). Ці бактерії містять> 3 мільйони генів, у 150 разів більше генів, ніж геном людини (ДНК); їх вага може перевищувати 2 кг.