Пошук по List_MAPS

НАУКОВА ПРОГРАМА "СПИСОК"

Механізми, що дозволяють Listeria monocytogenes проходити та зберігатись у найрізноманітніших середовищах існування, все ще недостатньо вивчені. Однак очевидно, що здатність інтегрувати екологічні сигнали та виробляти відповідну реакцію на умови навколишнього середовища сприяє ризику для здоров’я, пов’язаному з наявністю цієї бактерії в харчових середовищах.

Основою наукового проекту List_MAPS є інтеграція реакції бактерій на умови навколишнього середовища за допомогою системного біологічного підходу та розуміння того, як умови навколишнього середовища можуть впливати на його здатність генерувати інфекцію після прийому всередину.

Для детального вивчення екології Listeria monocytogenes використовуються чотири експериментальні пристрої:

1. Ilрунт і ризосфера (територія, що оточує коріння рослин)
2. Біоплівки агропродовольчого середовища
3. Харчові та технологічні стреси
4. Миша як модель-хазяїн для вивчення інфекційності

Мережа вивчає зокрема:

• Транскриптоми та протеоми в цих складних середовищах
• Механізми фізіологічної адаптації підходами зворотної генетики
• Взаємозв’язки між реакцією на стрес, стільниковим зв’язком та RNome
• Реакція на біотичне середовище
• Зв’язок між складом харчових матриць та здатністю збудника ініціювати інфекційний процес
• Розробка інноваційного інструменту оцінки вірулентності як заміни моделям тварин для скринінгу колекцій штамів для зв’язку біорізноманіття та інфекційності
• Впровадження комерційного пристрою для оцінки здатності формувати біоплівки в технологічних умовах
• Світло як засіб для дезінфекції харчової промисловості

ОРГАНІЗАЦІЯ ДОСЛІДЖЕНЬСЬКОЇ ДІЯЛЬНОСТІ

Дослідницька діяльність List_MAPS складається з 4 наборів завдань, що поєднують глобальні підходи (транскриптоми та протеоми), класичні підходи молекулярної біології та фізіологічні характеристики в чотирьох контрольованих середовищах:

WP1: Збір та інтеграція даних у конкретних середовищах

Цілі: Вилучення РНК та білків у різних середовищах (завдання 1); побудова бази даних, що включає ідентифікацію TSS, RNA-seq та MACE-аналізів (завдання 2); та інтеграція даних транскриптоміки та протеоміки (завдання 3).

Відповідальний партнер: GenXPro

WP2: Пов’язування екологічних ознак та вираження вірулентності

Цілі: Оцінити вплив складових харчової матриці та наявність хітину на рівень вірулентності (завдання 1), використання даних транскриптома для аналізу експресії вірулону відповідно до умов навколишнього середовища (завдання 2), вірулентності оцінка колекції мутантів (завдання 3).

Відповідальний партнер: Університетський коледж Корка

WP3: Інструменти для оцінки внутрішньоспецифічного фенотипового різноманіття

Цілі: Розробка та перевірка інноваційного тесту для оцінки вірулентності в кремнію як заміна моделей тварин (завдання 1), розробка набору для оцінки формування біоплівки (завдання 2), аналіз різноманітності колекції штамів за допомогою цих інструментів (завдання 3).

Відповідальний партнер: BioFilm Control

WP4: Підхід до системної біології

Цілі: Моделювання регуляторних мереж (завдання 1), ідентифікація генів-мішеней та підхід зворотної генетики (завдання 2), оптимізація моделі завдяки порівнянню експериментальних результатів та гіпотез, виведених із теоретичної моделі (завдання 3).

Відповідальний партнер: ІНРА

ІНДИВІДУАЛЬНІ ПРОЕКТИ ДОСЛІДЖЕННЯ

Загальний науковий проект мережі вимагає внеску кожного з окремих дослідницьких проектів. Ці окремі проекти лежать в основі дослідницької підготовки молодих дослідників.

Організація	Назва окремого предмета
Університет Бургундії (ESR 1)	Дослідження адаптивних стратегій L. monocytogenes у грунті/рослинах мезокосмів
Університет Корка (ESR 2)	Потенціал попередньої адаптації та вірулентності L. monocytogenes у харчовій матриці
Університет Копенгагена (ESR 3)	Регуляція вірулону L. monocytogenes вуглеводами
Національний університет Ірландії, Голуей (ESR 4)	Роль регулятора σB L. monotogenes в стійкості до навколишнього середовища
INRA-UR454 (ESR 5)	Роль секреції білка в адаптації L. monocytogenes
Університет Вагенінгена (ESR 6)	Біорізноманіття та передача L. monocytogenes у харчовому ланцюзі
Університет Південної Данії (ESR 7)	Роль некодуючих сРНК у передачі L. monocytogenes між середовищами
Університет Бургундії та Національний університет Ірландії, Голуей (ESR 8)	Дослідження взаємозв’язків між регуляторами AgrA та σB
ВНУТРІШНІЙ ЗВІТ (ESR 9)	Побудова регуляторної мережі транскрипції
GenXPro (ESR 10)	Розробка інструментів біоінформатики для аналізу даних MACE
BioFilm Control та GenXPro (ESR 11)	Розробка інноваційних інструментів для швидкої фенотипової характеристики внутрішньовидового різноманіття

Цей проект фінансується за рахунок заходів Марі-Склодовської Кюрі в рамках дослідницької та інноваційної програми Європейського Союзу "Горизонт 2020" згідно з грантовою угодою № 641984

List_MAPS у декількох пунктах ...

Детальна назва: Навчання та дослідження щодо адаптації Listeria monocytogenes через поглиблений аналіз протеомного та транскриптома секвенування

Фінансування: H2020-MSCA-ITN-2014-ETN, Угода про надання гранту No 641984

Початок проекту та тривалість: 01.03.2015 на 4 роки

Координатор: Бургундський університет, Діжон, Франція

Учасники: 9 бенефіціарів, 2 асоційовані партнери, 11 молодих дослідників (ESR)

Країна: Німеччина, Данія, Франція, Ірландія, Нідерланди

---