Діагностика бактеріального гастроентериту - Swiss Medical Review

резюме

Вступ

Гострий гастроентерит вражає мільйони людей щороку зі значною захворюваністю та смертністю. Етіологічні агенти різноманітні (харчові отруєння, вірусні, бактеріальні та паразитарні агенти), проте виявлення збудників захворювання залишається рідкісним. Насправді переважна більшість гострих гастроентеритів заживає спонтанно і не потребує специфічної діагностики чи лікування. 1,2 Однак пошук етіологічного агента залишається важливим для виявлення та "стримування" можливих епідемій, так само, як це важливо при важких клінічних проявах.

Якість клінічної інформації, пов'язаної із запитом (імунітет, подорожі, епідемічний контекст, прийом антибіотиків, пошук конкретних мікробів, які зазвичай не охоплюються) може суттєво вплинути на ефективність культури стільця, що дозволяє мікробіологу вибрати діагностичну техніку з найкращим вихід (виявлення антигенів проти культури або ПЛР). Метою цієї статті є огляд особливостей різних мікробів, що викликають бактеріальний гастроентерит, та їх діагностичні аспекти.

Інфекційна доза та характеристики основних бактерій, відповідальних за діарею

Shigella spp.

Інфекційність ентеропатогенних бактерій

гастроентериту

Campylobacter spp.

Бактерії, які потрібно шукати в певній клінічній картині

Шига-токсин, що продукує кишкову паличку, включаючи штами O157: H7

У кишковій паличці є найрізноманітніші штами, деякі з яких виявляють патогенність для кишкового тракту. Існує кілька категорій Е. coli, які можуть спричинити ентеропатію, які відрізняються різними патогенними механізмами та різною епідеміологією. Гастроентерит, що має особливо серйозні наслідки, може бути викликаний штамами Е. coli, що виробляє шига-токсин. Вони можуть призвести до гемолітико-уремічного синдрому, пов’язаного з анемією, тромбоцитопенією та нирковою недостатністю. 11 Частота ентерогеморагічної кишкової палички (EHEC) у Швейцарії дуже низька, 1,02 на 100 000 жителів у 2013 році (дані OFSP).

Поширення різних видів ентеропатогенних бактерій, виділених культурою калу, в лабораторії бактеріології (HUG), з березня 2009 р. По липень 2014 р.

Aeromonas spp.

Аеромони містяться в прісних водоймах, стічних водах і відкладах. Їх розмноження залежить від температури, рН та вмісту поживних речовин. A. hydrophila визнаний умовно-патогенним збудником. A. caviae та A. hydrophila вважаються можливими збудниками гастроентериту, целюліту та коліту. Їх часто ізолювали від раневих інфекцій, що переносяться у водному середовищі. A. hydrophila також асоціюється з респіраторними інфекціями. Попадання в організм забрудненої води або їжі або контакт з бактеріями через прорив шкіри - загальні шляхи зараження цим мікробом. 14.15

Plesiomonas shigelloides

У людини P. shigelloides виділяється з кишечника здорових суб’єктів та під час епізодів діареї. Діарея, пов’язана з P. shigelloides, відрізняється як за тривалістю (від кількох днів до більш ніж чотирьох тижнів, а то й від шести місяців), так і за клінічними ознаками: водяниста та холериформна діарея, що свідчить про наявність ентеротоксинів; діарея з кров’ю та слизом, що свідчить про інвазивний процес; або легка діарея. 15

Холерний вібріон

Виявлення ентеропатогенних бактерій: культура стільця проти ПКР

Молекулярні методи значно підвищували чутливість виявлення ентеропатогенних бактерій порівняно з посівом стільця. 2,17 Описано кілька ПЛР у режимі реального часу. У дослідженні, проведеному Андерсоном та співавт., 18 оцінювали результати аналізу ПЛР у реальному часі, панель BD MAX на кишкові бактерії (BD Diagnostics, Sparks, MD). Ця група націлена на Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Shigella spp. і шіга-токсин, що продукує кишкову паличку. При концентрації 1x10 6 КУО/мл для Campylobacter spp. та 1 x 10 7 КУО/мл для інших мікробів, що шукаються, чутливість та специфічність ПЛР становлять 100% щодо культури калу. Зменшуючи концентрацію мікробів, чутливість ПЛР знижується, але залишається завжди кращою, ніж культура посіву стільця. При концентрації 10 3 КУО/мл чутливість культури стільця коливається від 0% для Salmonella spp. при 43% для Campylobacter spp. Для тієї ж концентрації бактерій чутливість BD MAX коливається від 43,8% для Salmonella spp. 100% для Campylobacter spp.

Ці панелі мають три основні обмеження: 1) їх неможливість виявити патогени, не включені до панелі; 2) відсутність основної клінічної логіки (наприклад, група з 23 патогенних мікроорганізмів), що створює ризик виявлення як агента, відповідального за діарею, так і можливого перенесення (див. Певні змішані результати), це тим більше, ніж ми виділяємо бактеріальну ДНК і, отже, не обов'язково "жива" бактерія; 3) відсутність інформації про чутливість до антибіотиків ідентифікованого збудника, що робить його обов'язковим для посіву позитивних зразків методом ПЛР.

Таким чином, використання ПЛР першої лінії дозволяє швидко повернути негативний результат клініцистам (приріст від 48 до 72 годин) для шуканих ентеропатогенних бактерій та культивувати лише позитивні випадки, щоб мати профіль чутливості. У бактеріологічній лабораторії, при коефіцієнті позитивності культури випорожнень від 0,3 до 1,8% із 4500 зразків калу, що надходять на рік (таблиці 1 та 3), перевага цього початкового молекулярного підходу очевидна, оскільки `` дозволяє уникнути велика кількість «марних» фекальних культур завдяки підвищеній чутливості та швидкості. У 2014 році ми ввели в наш розпорядок роботи панель BD MAX кишкових бактерій за алгоритмом, наведеним на малюнку 1. З моменту її використання ПЛР виявила 8 із 60 випадків Campylobacter spp. які не були підтверджені культурою. Завдяки ПЛР ми виявили сім випадків EHEC, які були підтверджені Національним довідковим центром ентеропатогенних бактерій (NENT).

Алгоритм виявлення ентеропатогенних бактерій у лабораторії бактеріології (HUG)