Батьківський пік
Наявність домішок є джерелом труднощів, навіть помилок, при зчитуванні батьківського піку, коли ці зловмисники мають масу більшу, ніж маса досліджуваного з'єднання. Ризик нижчий, коли маса домішки нижча, ніж маса досліджуваного з'єднання, проте інтерпретація різних фрагментів порушується.

Домішка може мати два витоки:
- відсутність чистоти аналізованого продукту, що створює проблеми під час безпосереднього введення, але вирішує проблему за допомогою мас-спектрометрії в поєднанні з газовою хроматографією GC/MS (за умови, що виявлено ідеальну колонку, яка відокремлює домішку від сполуки для аналізу);
- забруднення спектрометра продуктами з низькою летючістю (полімеризація in situ, насосні масла.); ця складність може бути вирішена шляхом створення "білого спектру" за відсутності зразка, спектру, який потім можна відняти від спектру зразка (вручну або автоматично на останніх спектрометрах).
Ця ситуація є основним джерелом помилок, особливо під час електронної іонізації. Дійсно, деякі молекулярні іони нестійкі і спонтанно розкладаються у вигляді більш стабільного іона, який потім з'являється як батьківський пік. Таким чином, певні спирти, що зазнають агресивних умов іонізації, дегідрують і дають спектр, подібний до спектру алкену, отриманого в результаті цього виведення. Цю складність тепер подолано використання щадного методу іонізації, такого як хімічна іонізація.
Деякі ситуації, які можна легко ідентифікувати, відповідають втраті фрагмента радикала, тобто апріорі фрагменту непарної маси (за винятком азотистого радикала); отриманий помилковий батьківський пік тоді є піком непарної маси, що є першим свідченням недійсності (за винятком сполук азоту, див. правило азоту). Таким чином, сильно розгалужені сполуки, що містять багато метильних груп, можуть давати помилковий вихідний пік Р-15 (втрата СН3). Для високометоксильованих сполук подібна ситуація зустрічається з фальшивим піком вихідної маси Р-31 (втрата OCH3).
Втрата молекули менш помітна.
Якщо ми маємо мікроаналіз сполуки, дуже легко дізнатися точну масу і, отже, відсутній фрагмент.
Приклад: сполука, що характеризується мікроаналізом (73,79% C; 13,95% H), виявляє "батьківський" пік при 112u;
отримуємо сиру формулу в СхHрОz вирішивши таке рівняння:
12 х/73,79 = р/13,95 = 16 z/12,26 = М/100 = 112/100
Що призводить до:
х = 6,887 С, р = 15,624 H і z = 0,858 O.
Помічено, що отримані значення відхиляються від цілочисельних значень значно вище відхилень, пов’язаних з єдиною неточністю мікроаналізу. Тоді достатньо знайти, яке значення призведе до значень, близьких до цілих значень для x, y та z. Тоді складовий атом з найбільшою масою (а також найпоширенішим) слід зберегти, щоб зменшити вагу невизначеності, пов'язаної з технікою. Отже, беручи кисень, ми проводимо зворотне обчислення за допомогою z = 1 або:
1 z/12,26 = М/100 отже М = 16 х 1 х 100/12,26 = 130,50
значення, отримане для М буде 130,50 (значення занадто далеко від цілочисельного значення для прийняття рішення); тоді можна продублювати цей підхід на атомах вуглецю (маса близька до 16 О, але більше), спробувавши: х = 7 отримуємо
12 х/73,79 = М/100 отже М = 12 * 7 * 100/73,79 = 113,84. непереконливий !
Спроба: х = 8 отримуємо
12 х/73,79 = М/100 отже М = 12 * 8 * 100/73,79 = 130,09
Це останнє значення повинно зберігатися і вести до VS8 год18O.
Це октанол, який спонтанно дегідрує під час іонізації і дає помилковий вихідний пік при 130 - 18 (-H2O) або при m/z 112.