Новий алгоритм, можливо, допоміг перевірити генетичні ознаки імунітету; Новини-Медичні
Застереження: Ця сторінка є автоматичним перекладом цієї сторінки спочатку англійською мовою. Зверніть увагу, оскільки переклади створюються машинно, не всі переклади будуть ідеальними. Цей веб-сайт та його веб-сторінки призначені для читання англійською мовою. Будь-який переклад цього веб-сайту та його веб-сторінок може бути неточним і неточним, повністю або частково. Цей переклад подано на практиці.
Вчені з Інженерної школи UC San Diego Jacobs та Інституту Qualcomm розробили новий алгоритм прогнозування генів, який називається MINING-D, який може допомогти дослідникам перевірити генетичні підказки, пов’язані з варіацією симптомів, що проявляються у пацієнтів з COVID-19; інформація, що є ключовою для виробництва універсальної та ефективної вакцини.
Отримані дані та алгоритм, опубліковані 27 квітня в PLOS Bioinformatics, можуть дати вченим більш повне уявлення про те, як гени, що становлять основу нашої імунної системи, виробляють персональний репертуар антитіл для захисту від вторгнення патогенів. Вони також можуть пролити світло на те, чому деякі люди мають більш ефективні імунні реакції на інфекцію.
Це дослідження буде особливо корисним, оскільки десятки груп починають досліджувати потенційні вакцини проти COVID-19 і бачать, що вакцина діє на одні, а не на інші; і секрет може бути в мутаціях імунної системи кожної людини. Не знаючи імунного перевирівнення людини, ми не зможемо сказати, чому це спрацювало або чому ні. MINING-D може допомогти надати відповіді. "
Павло Певзнер, професор кафедри обчислювальної техніки та дизайну університету Сан-Дієго та співавтор на папері
Існує три групи зв’язаних генів імуноглобулінів, які є будівельними блоками імунної відповіді людини: (v) змінна, різноманітність (d) та (j) зародкові лінії. MINING-D аналізує, як ці коробки, особливо погано вивчений ген D, скремблюють та перепаковують, щоб утворити широкий спектр антитіл. Гени D відіграють вирішальну роль у виробленні ділянок антитіл, відповідальних за ідентифікацію патогенів.
"MINING-D допоможе дослідникам вивчити мутації в генах D, поки це зауваження не буде складним завданням", - сказав Вінну Бхардвай, провідний автор статті та кандидат наук, кандидат технічних наук у службі комп. обраний. та Інститут обчислювальної техніки та Qualcomm в Сан-Дієго. “Наше початкове дослідження показало, що деякі варіанти генів D використовуються частіше за інші у відповідь на різні інфекції. Ми сподіваємось, ця інформація створить основу для розкриття підказок про роль, яку відіграють гени D у тому, наскільки складно чи легко пацієнту боротися з інфекцією. "
Коли патоген потрапляє у здоровий організм, він викликає імунну відповідь, що включає рекомбінацію генів зародкової лінії та їх випадкові мутації. Процес, який відрізняється від людини до людини, призводить до того, що в кожен із нас дифузується приблизно мільярд антитіл у будь-який час. Цей персоніфікований репертуар антитіл постійно змінюється для боротьби з новими інфекціями.
"Нашим наступним кроком є співпраця з провідними експертами з імуногеноміки в Університеті Луїсвілля, які починають відбирати репертуари антитіл у пацієнтів з різним ступенем тяжкості COVID-19", - сказала Яна Сафонова, автор співавторів та докторант послуга інформатики та дизайну.
Сафонова уточнює, що, як і у випадку з грипом, попередні дослідження показали, що одна мутація гена під назвою IGHV1-69 призвела до зниження здатності людини ідентифікувати вірус грипу і, отже, до неспроможності викликати імунну реакцію проти нього.
"Розуміння подібних генетичних варіацій серед пацієнтів з COVID-19 може бути ключем до розробки полівалентних вакцин, які ініціюють вироблення антитіл, що ідентифікують і нейтралізують вірус SARS-CoV-2", - сказала Сафонова.